9月7日起，中国的行政立法机关国务院法制办，就国家宗教局递交的《宗教事务条例修订草案（送审稿）》在网站上公开征求意见，为期一个月。
最近一阶段以来，各种宗教学者、律师和教徒纷纷通过网络发表自己对这项行政立法的意见。
9月15日，十六名中国大陆的基督教法律人和学者发布一封给全国人大常委会的公开信，要求解释中国《宪法》第三十六及八十九条，并质疑国务院是否有权制定涉及公民宗教自由的法规。
9月19日，李贵生、杨兴权、张培鸿、雷小冬、范标文等五位基督教背景的法律人联合就致信国务院法制办公室。
五人提出，宗教事务管理法治化，立法首先必须程序合法，依宪依法，否则源头不合法，执行起来会阻力重重，而目前这份《宗教事务条例修订草案（送审稿）》，存在是否合宪、违反“立法法”、“行政许可法”等诸多问题。
五人建议，“宗教事务条例，是当下唯一一部涉及宗教信仰的行政法规，事关数亿公民的权利，事关国家的长治久安，应该开门立法，吸收宗教专家学者、宗教信仰人士、法律专业人士参与起草工作，而不是部门起草。”
对此，陕西师范大学副教授王超的文章认为，这次部门立法，五教三方（第一方：佛教、道教，第二方: 天主教、基督教，第三方：伊斯兰教）对这一草案显示出明显的差异性特征，简单地说，佛、道、伊教对于草案基本无视，而天主教、基督则反应甚为激烈，并质疑草案的“合法性”问题。
王超认为，本次草案引起基督教界的强烈反应，尤其涉及家庭教会问题。新草案规定了家庭教会依法登记，以及宗教场所归属宗教团体的方案，是基教各届质疑的主要内容。
因此，基督教维权律师及宗教职业者、教众、学界，都在网络平台公布了自己对草案的不满之意，而且对草案提出者“国家宗教局”的立法身份的合法性不予认可，并组织相关人员数十人以“抗议信”的形式正式提交上级机关进行审议。
王超认为，作为高级知识分子的基督教教众发挥了主导作用，他们有能力，有知识，也有意愿完成审议并提出切实的意见，并且以法律为名，进行“维权”。
对新草案，基督教界感受到对家庭教会的“限制”与“打击”尤甚，对宗教自由与自身权利“打压”过多，感到自身活动受限严重，于是以“宗教法治”为工具，通过法律程序提出意见，维护自身利益与政府进行博弈。
基督教界深受西方影响，一方面在维护权益上得到西方舆论支持，另一方面受宪政思维影响，积极表达自身诉求，对政府公共政策敢于提出意见，同时联系到近期拆教堂、抓维权律师等事件，基督教各界对自身命运的担忧更强烈，所以回应也越激烈。
对伊斯兰教的沉默，王超描述为“一石入水，没有半点浪花，着实让人感慨”，不知是伊斯兰教界对政府的“忠心”还是对政府的“心死”？
王超认为，此次修法并非与伊斯兰教无关，草案中关于伊斯兰教的部分规定，可能会涉及宗教团体与宗教场所关系的重新分配问题，以及网络恶意攻击伊斯兰教要惩戒的问题。
对此，王超分析说，伊斯兰各届对政府的慎言与对个体的反击，表现出伊各届对政府的忠心与自身游离在世事之外的状态，此外，相西方的宪政思想，对政府提意见等做法对伊教各届影响不深；伊教各届深受历史与现实中伊教境遇的影响，时刻反思与自省，低调行事，唯恐招来“大祸”。
事实上，中文伊斯兰教并未完全沉默。
9月20日，在汉语伊斯兰教圈子中影响颇大的山东德州阿訇李云飞致信国务院法制办，就此次部门立法提出质疑和建议，在汉语伊斯兰信众中影响不小的中穆网转载了这份建议。
李云飞提出，此次《草案》增订的九章七十四条中，设定了二十九类审批事项和十一项处罚权，这违反了宪法三十六条公民宗教信仰自由之条款，而宪法三十六条所确立的公民宗教信仰自由权利，是人与生俱来的权利，并非是宪法授予的，更不是政府能够审批的。
李云芬认为，国务院作为行政机关，凡制定与宗教信仰自由有关的行政法规，均不能妨碍宪法确立的公民的这一自由。“行政机关对宗教事务的监管是监督和备案，即履行对宗教自由的保障义务；无权审批，更无权处罚。相关犯罪行为及安全问题，属公安机关职责范畴，行政机关不能越俎代庖。”
此外，李云飞对草案中经常用来指责伊斯兰恐怖分子的“宗教极端主义”的表述提出质疑。
李云飞认为，“极端主义”就字面而言指的是在某事物上追求极致，用于宗教信仰则是虔诚，与“宗教极端主义”在使用中想要表达的恐怖主义和暴力的现象不符，无论宗教信仰者如何虔诚，只要他没有侵犯别人的权利，这种行为就不构成犯罪。
李云飞批评说，“宗教极端主义”曾存在于地方政府（新疆）的《宗教事务条例》中，因为没有法律定义，使政府部门在处理宗教问题时拥有了绝对的裁量权，发生了大量侵犯公民宗教信仰权利的事情。
最后，他总结说，《草案》最“令人遗憾之处”是政府未尽到对公民宗教信仰自由的保障义务，尤其是针对政府部门出现的侵犯公民宗教信仰权利的问题，增设保护性条款予以纠正，相反，却增加了更多的审批事项和处罚权。
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